吴有性于崇锁十五年(1642)撰成《瘟疫论》，据《四库全书总目》载，《瘟疫论》2卷，补遗1卷，版本主要有清初刻本、四库全书本等。上卷载论文50篇，阐述瘟疫之病因、病机、证候、治疗，并从多方面论述温疫与伤寒的不同。下卷载文36篇，着重论述温疫的兼证，有数篇论述温疫名实和疫疬证治。

吴氏认为瘟疫之因，为无形之“戾气”，从口鼻侵入人体。戾气有多种，各有“特适”性和“偏中”性，即不同戾气具有侵犯一定脏器的特异性，人或动物对某种戾气也具有不同感受性。提出“能知以物制气，一病只有一药之到病已”的原则。把戾气侵入途径分为“自天受”(空气传染)和“传染受”(接触传染)，既可形成流行之疫，也可出现散发之疫。提出“达原”、“三消”等治法。

吴氏创论外感瘟疫病因及传受途径，实开我国传染病学之先河，对后世戴天章等有很大影响。清代叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英等温病学家并未按吴氏的思路继续探索，而返回中医传统思维方法中，使吴氏民气说未能得到充分发展。