蒙医药学是蒙古的文化遗产之一，也是祖国传统医学的重要组成部分，它是蒙古族人民在长期的医疗实践中逐渐形成与发展起来的，它吸收了藏医、汉医及古印度医学理论的精华，逐步形成具有鲜明民族特色、地域特点和独特理论体系、临床特点的民族传统医学。

自古以来，蒙古民族过着游牧生活，在与干旱、寒冷、潮湿、风雪等自然斗争中，不断积累了许多适合当时环境、生产方式、生活习惯以及地理气侯特点的医疗知识和方法。蒙古人民由于主要食用牛、羊、马等动物的肉和乳食品，所以对这些动物产品的医疗作用有很多的了解，而且饮食治疗在蒙医药学中有着重要地位，因其居住地寒冷潮湿故使用灸疗法也是北方蒙古族早期常用的治疗方法，又因其民族常年驰聘在广阔的草原上，经常发生战伤、摔伤、骨折，故正骨、正脑、烧灼疗法也是早期蒙医的重要内容之一。

13世纪初，元太祖成吉思汗统一蒙古民族各部落建立了蒙古大帝国，蒙古社会进入了新的历史发展阶段，随着同国内各民族，特别是和汉、藏民族之间的往来及与印度、阿拉伯和欧洲等国交往，蒙古民族的经济文化得以发展，创造了蒙古文字。蒙医传统疗法及临证用药、理论、实践等诸方面得到了进一步的发展与提高。蒙医骨科、外伤治疗、马奶酒疗法以及药物学方面的知识均有了新的发展。在《元史》里，载有1226年蒙古军中流行瘟疫时，曾用大黄医治之事。内蒙古特产药材肉苁蓉，在《饮膳正要》、《本草纲目》等书中都有详细记载。

14世纪蒙古族翻译家沙拉布僧格，将古代印度巨著《金光明最胜王经》译成蒙文。随之古代印度医学的部分理论初次传播于蒙古地区。1576年藏医经典巨著《四部医典》传到蒙古，印度佛教巨著《丹珠尔经》于17世纪末被译成蒙文，对蒙医药的发展起了重要作用。蒙医学在传统的医疗实践的基础上，吸收了藏医学及古代印度医学的以阴阳、五元(五行)学说为基础的“赫依”、“协日”、“巴达干”理论和七元素理论以及中医知识，结合蒙古地区的特点及民间疗法，创造性地加以改造和发展。