蒙医药学是蒙古民族的文化遗产之一，也是祖国传统医学的重要组成部分，它是蒙古族人民在长期的医药疗实践中逐渐形成与发展起来的，它吸收藏医、汉医及印度医学理论的精华，逐步形成具有鲜明的民族特色、地域特点和独特理论体系、临床特点的民族传统医学。 蒙医以“七素”（塔朱日）作为构成人体的基本物质。它是水谷精微（造明液体）、血、内、脂、骨、髓、精液统称为七要素。“赫依”、“希拉”、“巴达干”与“七素”之间有着相互依存的密切关系。

蒙医的辩证方法主要有病周辩证、病位辩证及论病辩证等。此外，尚有探查性服药的辩证办法，多用于疑难病证。蒙医诊病中，很注重对患者粪、尿等排泄物的观察，从排泄物的色质、性状、气味等情况，判断病变的性质，提供诊断参数。

施治的主要内容包括立法、处方、手术等。蒙医有清、解、温、补、和、汗、吐、下、静、养十洁；还有燥“希拉·乌素”（黄水），杀“粘”（病菌、病毒），导热、升温等独特的治疗法则。急则治标，缓则治本。蒙医非常重视人与自然环境，生活习俗与疾病的关系。特别是蒙古民族以肉良、乳食、炒米为主食，消化道疾病为多见，故蒙医认为胃为人体后天之本，饮食起居适宜尤为重要。在诊治内科疾病首要注意消化系统有无异常，新陈代谢有无障碍，把提高胃肠消化吸收功能，放在治疗的首位。因此，蒙医对于胃肠疾病的诊治有丰富的经验和很好的疗效。

除此，尚论“脏腑说”、“白脉说”、“黑脉说”、“四季发病规律”、“南北人群发病差异”，以及瘟疫、热病的独特诊治、理论学说等等。指导着蒙医临床实践。

蒙医药理论体系的显著特点是：以阴阳五元学说为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论为“赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫”。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。蒙医理论明确指出，发病本身的内在条件是指三根七素，即内因，致病因素指外界因素，即外缘。在正常情况下，三根七素各有特点，自具其能，密切联系，共同担负着人体正常生理功能活动，保持对立统一的相对平衡状态。这是人体健康的基本原因。在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰等反常状态而失去平衡时，就产生疾病，这是病理活动的基本原因。三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。对于人体生理功能和病理机制，均以三根的生成变化为理论根据。

蒙医认为，人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程，内部消化系统，外部言听视行，都不是孤立进行的，必须在三根七素的作用下，人体脏腑之间、脏腑与体表之间的生命活动彼此协调，相互制约，才能维持人体内环境的相对平衡，如某一部分发生病变，就会影响到其他部分以至整体，引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。所以在医疗疾病过程中，不能只看表面现象，而要辨证地进行全身的综合分析才能得出正确的诊断。人和自然界也是相互对立统一的，人体通过感受器官和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化，必然对人体产生影响。在正常的情况下，通过人体内部三根的调节，使之与自然环境的变化相适应，若七素之间的平衡失调，相互为害；或由于某种外因，人体内外环境的相对平衡状态遭受破坏，就会发生疾病。蒙医在临床上根据这一理论和原理解释各种致病因素的性质、特点和所致病症的临床表现。所以“扶正”与“祛邪”是人体战胜疾病、恢复健康的重要措施。