蒙族医药是以蒙古族人民长期同疾病作斗争中所积累的传统医疗实践经验为基础，吸收藏医及印度医学的部分基本理论和汉族医学的知识，在朴素的唯物论和自发的辩证法思想影响和指导下，逐步形成的独特的民族医学。它把人体看作是一个对立统一的有机整体，从宏观的角度来研究人体动态的各种内在联系，从而阐明生命运动的基本规律。其理论体系的基本特点，就是整体观念论、辨证诊断理论和重病因辨证施治理论。

蒙医有一整套基本学说，共同构成蒙医学的理论体系：

阴阳学说

蒙医认为，人体的一切都离不开阴阳，任何事物都具有对立又统一的阴阳两个方面，无论是胚胎，新的生命的形成，机体构造与生理功能、病理变化，都可以用阴阳变化的相互关系来说明问题。如脏为阳、腑为阴，血脉为阳，白脉为阴，三素为阳、七元为阴等。阴阳在人体保持相对平衡才能维持正常的生理状态。如果一旦阴阳失调，势必破坏平衡，产生偏盛或不及，就要发生疾病。有病理现象产生后，无论症状上表现如何复杂归纳起来不外乎寒热两症，阳盛则表现为热症，阴盛则为寒症。因此，阴阳平衡是保证健康的必要条件，失调是导致疾病的根本原因。

五元学说

五元学说(即土、水、火、气、空)很早被应用于古代印度医学。据文献记载。于14世纪初经西藏传播到蒙古地区。在蒙医学理论中，对构成人体的“三根”、“七要素”和生理、病理、诊断、治疗原则、四施(药物、外治、饮食、起居)等的解释，都以五元学说为理论指导。因此，五元学说是蒙医学理论体系的纲要。它把事物按照不同的性质、作用与形态，分别归属于土、水、火、气、空五元。例如：土元的性质为硬、强、重，以气味为主，具备味、色、感、声等性能，为一切物质的本基，对物质有重、稳的功能；水元性质为湿、润，以味为主，具备色、感、声等性能，对物质有滋养、湿润的功能；火元性质为热，以色为主，具备感、声等性能，对物质有成熟、溶解、烧灼的功能；气元性质为轻、动，以感为主，具有感、声两种性能，对物质有轻、动、发的功能；空元性质是空、虚，只有声一种性能，为物质的存在、增长、运动的空间，具有间隔的功能。