中、蒙医由于理论体系的不同，实践经验有别，所以对药物的认识和应用也就必然有所差异。许多常用药物，在两者的医药理论体系中，其功效、主治、药用部位都可能差别很大。 在众多的蒙药中有不少药材是蒙药专用品种(只有蒙医习惯使用的药物)，约有140种。如：广枣，蒙医用于心悸、心绞痛、心脏痛；沙棘，蒙医用于止咳去痰、活血化瘀；蓝盆花 ......蒙医基本理论蒙医以“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根的关系来解释人体的生理、病理现象。所谓“赫依”，是指各种生理功能的动力。凡是思维、语言、动作及各脏器的功能活动，都受它支配。如果“赫依”功能失常，则会导致脏腑功能减弱，表现为神志异常、失眠、健忘等。“希拉”有火热之意。