蒙医学将疾病分为阴性病、阳性病两大类型。进而分为“赫依”、“希拉”、“巴达干”病三种病质。这三种病质又可分为4门,404病,1116证。经过长期临床实践，将这些病证归纳为20种基本性质。“赫依”(诸风)病的性质是糙、轻、寒、细、强、动等 6种；“希拉”(火、热)病的性质是脂、锐、热、轻、臭、泄、湿等7种;“巴达干”(痰、寒、湿)病的性质是脂、寒、重、钝、柔、固、粘等7种。针对这些病质,蒙医采取多种治疗方法和手段。

药物治疗 在临床实践中，主要是利用药物的17种功能(柔、重、温、脂、固、寒、钝、凉、和、稀、燥、淡、热、轻、锐、涩、动)去克制病证的20种基本性质，从而达到治疗的目的。其大致情况是：克制“赫依”病质，柔→糙、重→轻、热→寒、脂→细、柔→强、固→

动；克制“希拉”病质，淡→脂、钝→锐、寒凉→温热、和→轻、稀→臭燥、燥涩→湿泄；克制“巴达干”病质，淡→脂、热→寒、轻→重、锐→钝、涩→柔、燥→粘、动→固 ......藏医火灸穴位中有许多穴位与中医针灸的穴位几乎完全相同。例如：人头部相同的穴位有百会、地仑、人迎等。在人体背部，藏医的膈肌穴、肝穴、赤巴穴、脾穴、胃穴、肾穴、膀胱穴、"三姆休"穴等，分别相当于中医膈俞、肝俞、胆俞、脾俞、胃俞、肾俞、膀胱俞、三焦俞。上述穴位不仅位置相同，主治疾病亦基本一致。