清胃散方出自李东垣的《脾胃论》，原方组成：“真生地黄、当归身（以上各三分），牡丹皮（半钱），黄连（拣净,六分，如黄连不好更加二分，如夏月倍之，大抵黄连临时增减无定），升麻（一钱）。右为细末，都作一服，水一盏半，煎至七分，去柤，放冷服之。”用于治疗“因服补胃热药而致上下牙痛不可忍，牵引头脑满热，发大痛（《兰室秘藏》为“牵引头脑，满面发热，大痛”），此足阳明别络入脑也。喜寒恶热，此阳明经中热盛而作也。”《兰室秘藏》和《东垣试效方》中都载有该方。

李东垣书中未言何药为君。“为君者最多”，从原方用量上看，升麻用至一钱，用量最大。吴昆在《医方考》中对每味药的分析为：“升麻能清胃，黄连能泻心，丹皮、生地能凉血。乃当归者，所以益阴，使阳不得独亢尔。”方名清胃散，方中升麻清胃，量独大，似可为君药。但，升麻“气平。味苦甘。微苦微寒。”（《汤液本草》）似不足以为清胃之主药。

有以生地黄为君药者。《古今名医方论》中，罗美明确指出：“方中以生地凉血为君；佐以牡丹皮，去蒸而疏其滞；以黄连彻热燥湿为臣，和之以当归，辛散而循其经；仍用升麻之辛凉升举，以腾本经之清气……”当代医家焦树德在《方剂心得十讲》中也认为“方中以生地凉血益阴为主药。”但《汤液本草》中对生地黄是这样认识的：“《象》云：凉血补血，补肾水真阴不足。此药大寒，宜斟酌用之，恐损胃气。”“东垣云：生地黄治手足心热及心热，入手足少阴、手足厥阴，能益肾水而治血。”生地黄不入阳明经，也不足以为君药。

李畴人在《医方概要》中指出“此方全籍石膏之平胃热，乃生地、丹皮得力……”但石膏并非原方中固有，只是《医方集解》中提到“一方加石膏”。临证中重用石膏、以石膏为君药，取效也多，但已属清胃散的变方，并非原方本意。

方书中有认为黄连为君者。汪昂在《医方集解》中指出：“此足阳明药也。黄连泻心火，亦泻脾火，脾为心子，而与胃相表里者也。”似以黄连为君。初读这段文字，黄连泻脾，有所不解。后读《汤液本草》，见有如下论述：“（黄连）《液》云：入手少阴，苦燥，故入心，火就燥也。然泻心其实泻脾也，为子能令母实，实则泻其子。”始知汪氏有所本。只是强分脾与胃似有牵强，不知李东垣常以脾和胃互称，此处泻脾实指泻土。

黄连为方中君药，当为李东垣立方之本意。李东垣在《脾胃论》中对“君臣佐使法”有过论述，基本观点为“主病者为君，佐君者为臣，应臣者为使。一法，力大者为君。”“君药分两最多，臣药次之……”王好古在《汤液本草》中录有“东垣先生《用药心法》”，“心法”中提到“主病者为君。……治中焦热，黄连为君。”黄连清胃泻火，治胃火牙痛，为主病者，为方中君药顺理成章。当然，黄连大苦大寒，也属“力大者”。至于“分两”，原方中黄连仅用六分，似较升麻一钱为少，但方中有“如黄连不好更加二分，如夏月倍之，大抵黄连临时增减无定”之说。如“夏月倍之”则黄连当然为方中用量最大者。考清胃散所治胃火牙痛，四季皆可见，但以夏月（及其前后）天热时较为多见。原方主治病症为“因服补胃热药”所致，而“服补胃热药”以天凉之秋冬季节多见，故东垣原方仅用六分或为“随时用药”之列。