蒙药种类繁多，资源丰富，且以植物药为主。据文献记载，内蒙古分布的种子植物和蕨类植物共计2351种，其中引种栽培的植物有184种，野生植物共2176种，分属于133科720属；野生药用植物1122种，分属117科1033种。此外药用藻类1科2种，菌类24科68种，地衣5科7种，苔藓11科12种。其中常用药为104种，最常用药78种，占全国最常用植物药的36%。

蒙医常用药有450余种，蒙医专用260余种，本区自产药材占30%。以清热药、祛巴达干药、抑赫依药、祛黄水药物为主。还有驱虫药、促使热疾成型的药物、杀粘药、利尿逐水益肾药、破痞去滞药、止咳化痰药、泻下药、止泻药、滋补强壮药等17类。

蒙药中有许多具开发利用价值的资源。如无患子科植物文冠果茎枝，是蒙医专用药。经过化学分析，邓丽嘉予试其含有黄酮类、皂甙、挥发油、油脂、香豆素、甾醇及糖类，顾维彰等对不同产地的文冠木的成分对比分析，并从文冠木中得到两种黄酮，即杨梅树皮素与双氢槲皮素。黄雅芳等从其乙醇提取物中分离到5种化合物，即双氢槲取素、双氢杨梅树皮素、表儿茶粉、表没食子儿茶精和一种结构未知的化合物。毛莨科植物北草乌的干燥叶，顾维彰等从其中分离得乌头碱、次乌头碱、新乌头碱、去氧乌头碱及北草乌碱。漆树科植物南酸枣的干燥成熟果实中，邓丽嘉等从其中得到黄酮、有机酸、甾醇、挥发油、香豆素、糖和酚性成分。木犀科植物贺兰山丁香的根中。周长风等经予试得到挥发油。油脂、甾体、萜体、酚性成分、蒽醌、香豆素、氨基酸、蛋白质及糖类。菊科植物莴苣的种子，邓丽嘉等从其中得挥发油、黄酮类、氨基酸、肽蛋白质、酚性成分及糖类。漏芦的花，经顾维彰等分析，花中含有挥发油、黄酮类、植物甾醇、三萜类及糖类等。刘国声报道内蒙古紫草含B、B-二甲基丙烯酰紫草素为1.21%，含量高于紫草等等。又如：广枣(珠如很芍沙)，具有清心火，强心之功效；经其药理分析，具有治疗冠心病、心律失常之作用。蒙古山萝卜花(胡和�乌达巴拉)，具清热之功效，经药理研究具有显著强心作用。山沉香(阿拉善阿嘎如)，具抑赫依、清热、止痛、利呼吸之功效；经现代药理研究具有一定的抗惊厥作用，对中枢神经有明显的抑制作用，并有显著的镇痛作用。荜茇(必必灵)有调理胃火、祛巴达干赫依、调节体素、滋补强壮、平喘、祛痰、止痛功效；经动物实验，其挥发油具有耐缺氧和保护实验性急性心肌缺血作用。白苣胜其挥发油有显著的利尿作用，其总黄酮对心血管方面有良好的作用。文冠木(僧登)具有清热消肿、止痛之功效。经研究其总黄酮具有显著的镇痛与抗炎作用。另外还有白龙菖菜、芯芭、小檗、紫花高乌头、金莲花等。这些资源具有一定的开发利用价值。其中部分资源已开发或正在开发利用。