在药物学方面，蒙医药家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法和用药法等。同时还吸收了西藏。印度等地区和兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药物学理论不断完善和发展。在17～18世纪涌现出很多著名的药物学家、方剂学家和蒙药著作。如伊希巴拉珠尔撰写的《认药白晶药鉴》一书就是内容比较丰富的蒙药学著作；18世纪药物学家罗布桑苏勒和木撰写了《认药学》四部书，即《珠宝、土、石类认药学》《木、汤、滋补类认药学》《草类认药学》《盐、灰、动物类认药学》 ......蒙古民族长期居住在祖国北方寒冷地区，在和恶劣的 自然环境和疾病的斗争过程中创造了很多适于其生活方式和环境的“内病外治，外病外治”的独特疗法，这些独具特色的疗法由于历史条件的局限，虽然在不同文献中有所记载，但尚不完全很多医术相传于民间，急待挖掘、整理和提高。